Hoptrup Kirke, er også del af det store kirkebyggeri, der fandt sted i hundredåret mellem 1150 og 1250. Hoptrup Kirke er oprindeligt og i sin kerne en romansk bygning, hvidkalket og med blytag.
Man lægger mærke til, at den ikke sådan umiddelbart ligner en dansk gennemsnitslandsbykirke. Det skyldes at Hoptrup Kirke intet tårn har, kun en tagrytter (et spir midt på taget). Hoptrup Kirke har dog foruden tagrytteren også en klokkestabel.
I gotisk tid blev kirken, som mange andre, bygget om. Den blev forlænget mod både øst og vest, fik et sakristi i nordsiden og et våbenhus i sydsiden. Endelig fik kirken også korsarme mod nord og syd, hvilket gjorde, at den fra den sene middelalder og til i dag fremstår som en korskirke.
Det indre af Hoptrup Kirke er ligeledes præget af de store om- og tilbygninger i den sene middelalder. Det meget smukke og harmoniske kirkerum fremstår meget gotisk med sine gotiske krydshvælvinger, der udgør kirkeloftet.
Alteret er fra 1610-20. I topbilledfeltet er det oprindelige maleri fra 1610-20 blevet bevaret, det viser korsfæstelsesscenen. Alterets øvrige tre malerier er yngre, de blev malet i 1743 og viser ”nadveren” og ”Moses og Paulus”. De tidligere malerier findes endnu, de hænger i den nordlige korsarm. I en sydlige korsarm ses en vesperklokke. Her ses også kirkens tavle med en fortegnelse over kirkens præster igennem tiden.
Døbefonten er en romansk granitdøbefont i dens typiske form. Kirkerummet bliver domineret af den store prædikestol med en lydhimmel fra barokken, der blandt andet er udsmykket med figurer af de fire evangelister og frugtguirlander. Kirkens orgel er af noget nyere dato, det er blevet bygget af brødrene Bruhn i Aabenraa i årene 1961-62.
