Kirken ligger nede ved Haderslev fjord og var oprindelig en enskibet landsbykirke.
Omkring år 1900 fik Starups daværende tyske præst idéen om, at Starup Kirke skulle få sit oprindeligt udseende. I 1908 gik man i gang med et omfattende restaurerings- og ombygningsarbejde, der først blev afsluttet i 1918.
Man genrejste sideskibene og åbnede for de oprindelige arkader (buer), som i 700 år havde været en del af kirkens ydermure. Samtidig lagde man gulvet ca. en halv meter dybere til det oprindelige gulv. Således blev plint og base til arkadernes piller atter synlige. Et problem under arbejdet var, at man ikke kunne skaffe nok frådsten til de nye ydermure. Frådsten var det oprindelige byggemateriale for kirken. Man gik derfor over til at støbe kvadersten i cement og finere dem med en tynd skive frådsten, som man tog ud fra murværket, hvor det ikke kunne ses.
Under restaureringen blev der fundet spor af kalkmalerier i apsis. Maleren August Wilckens blev i 1917 sat til at udsmykke Starup Kirke med kalkmalerier, der skulle bygge på de sparsomme rester af de originale. I kirkens apsis fandt man et billede af Jesus sammen med de fire evangelisters symboler og et billede af Jomfru Maria. Man kunne regne ud, at apostlene nok havde været malet nedenunder, men man havde kun fundet rester af knæene. Wilckens brugte også egne motiver til udsmykning af Starup Kirke i kor og skib. Disse kalkmalerier bærer i form og udtryk et typisk præg af jugendstil. I koret finder man motiver af korsfæstelsen og opstandelsen, og i apsis landskabsbilleder, der hentyder til dommedag. På triumfvæggen ses “Nadveren”.
I skibet mod syd er der 5 billeder: ”Noahs offer”, ”Abrahams offer”, ”Moses med lovens tavler”, ”Jakobs kamp med englen”, og ”Job spottes af sin hustru”. På nordvæggen ligeledes 5 billeder: ”Jesu dåb,” ”Helbredelsen af den blinde”, ”Peter på søen”, ”Den fortabte søns hjemkomst” og ”Lazarus’ vækkelse fra de døde”. Mod vest over tårnbuen ses “Adam og Eva” og “Uddrivelsen af Paradis”. Wilckens var tydeligvis inspireret af Joakim Skovgaard, der havde udsmykket Viborg domkirke i samme tidsperiode. Kalkmalerierne blev gennemgribende restaureret i anledning af Starup Kirkes 900-års jubilæum i år 2000.
Starup Kirke er i dag også en vejkirke og byder på et flot interiør i det noget specielle kirkerum, der er præget af frådsten.
